Marguerite Cramer comenzó su carrera profesional estudiando Derecho en Ginebra y París. En 1914, tras haberse dedicado un tiempo a la investigación histórica, obtuvo un cargo de profesora de Historia en la Universidad de Ginebra. Sin embargo, en noviembre de ese año, su carrera docente se vio interrumpida durante el primer semestre de ejercicio, cuando la convocaron para trabajar en el CICR. Entonces, siguió los pasos de su abuelo y de tres de sus primos, quienes ya habían trabajado para la institución, con la cual afianzó aún más su vínculo en 1920, al contraer matrimonio con un delegado del CICR.

Como no era habitual que una mujer se incorporara al CICR, el nombramiento de Marguerite despertó reacciones diversas entre sus compañeros. A algunos les preocupaba que, por ser mujer, pudiera sentar un nuevo precedente para las organizaciones internacionales y que, por ser ginebrina, pudiera reavivar antiguas controversias sobre la política de contratación mononacional del CICR y su Comité exclusivamente suizo.

Un miembro, Adolphe d’Espine, declaró lo siguiente: “Me opongo a la decisión y cuestiono si es correcta. ¿La Sra. Cramer está calificada para formar parte del Comité, como su abuelo? Además, ¿es este el momento indicado?”. Gustave Ador, el entonces presidente del CICR, reconoció que “las cualidades excepcionales de la candidata, sumadas al hecho de que se trata del nombramiento de una mujer, decisión sin precedentes en organizaciones internacionales, provocarán sorpresa en el extranjero.” Jacques-Barthélémy Micheli, otro miembro con una mentalidad más avanzada, se manifestó optimista: “Creo que la designación de una mujer sería un cambio positivo para el CICR, que, incluso, sería bien recibido por antifeministas.”

Marguerite comenzó a trabajar con el CICR en los primeros años de la Primera Guerra Mundial, durante los cuales colaboró con la puesta en marcha de la Agencia Internacional de Prisioneros de Guerra. Fue la primera diplomática mujer del CICR: realizó misiones en Berlín, Copenhague y Estocolmo en marzo y abril de 1917, y, nuevamente, en diciembre de ese año. Participó en las conferencias franco-alemanas en Berna, organizadas por el CICR a pedido del Gobierno suizo, que derivaron en la repatriación de prisioneros de guerra en 1918. Desempeñó un papel decisivo en la formulación de convenios internacionales para proteger a las víctimas tanto militares como civiles de la guerra, y fue una de las principales impulsoras del proyecto que dio origen al Convenio de Ginebra de 1929 sobre los prisioneros de guerra. También participó en la formulación de un nuevo convenio internacional, con el objetivo de proteger a las personas civiles de nacionalidad extranjera en territorio enemigo procurando que reciban el mismo trato que los prisioneros de guerra (conocido como el "Proyecto de Tokio" de 1934).

Durante la Segunda Guerra Mundial, Marguerite se consagró a la labor de la Agencia Central de Prisioneros de Guerra. Junto con sus colegas, intentó, en reiteradas ocasiones, persuadir al Comité —en particular, a los presidentes Max Huber y Carl I. Burckhardt— de la necesidad de que el CICR adoptara medidas contundentes para proteger a la población civil (rehenes, deportados, personas sometidas a trabajo forzoso, etc.) en manos del Tercer Reich, así como a personas internadas en campos de concentración. Lamentablemente, estos esfuerzos fueron en vano. Marguerite renunció al Comité el 3 de octubre de 1946, pero el CICR la nombró miembro honorario, título que ostentó hasta su fallecimiento, el 22 de octubre de 1963.